Quizás uno de los temas más álgidos en el litigio desde que la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) entró a regir en Colombia, ha sido la competencia de la jurisdicción transicional y la manera en que se han visto impactadas, entre otras, las funciones de la Fiscalía General de la Nación.
En principio, parecía que desde el Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto y la Construcción de una Paz Estable y Duradera (Acuerdo) (punto 5.1.2., párr. 48, lit. j) había quedado zanjado el asunto, toda vez que se señaló que la Fiscalía General de la Nación (FGN) continuará adelantando las investigaciones hasta el día en que la Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad y de Determinación de los Hechos y Conductas (SRVR), anuncie públicamente que en tres meses presentará al Tribunal Especial para la Paz su Resolución de Conclusiones, momento en el cual la Fiscalía deberá remitir a la SRVR la totalidad de investigaciones que tenga sobre dichos hechos y conductas y perderá competencias para continuar investigando hechos o conductas competencia de la Jurisdicción Especial de Paz.